那些膽敢出言反對至聖童貞瑪利亞之聖潔的人已啞口無言，又一妄圖摧毀對上帝之母的敬禮的異端興起了。五世紀時，君士坦丁堡的牧首聶斯托利開始宣稱瑪利亞所生的只是耶穌這個人，神性寓居在這個人內，就如居住在聖殿裡一樣。一開始，他授意他的司祭阿納斯塔西（Anastasius），繼而親自公開在聖堂裡教授信友不應稱瑪利亞為「誕神女」（Theotokos），因為她生的並非是神而人的那一位。對他自己而言，崇拜一個裹著襁褓睡在馬槽裡的嬰孩是有失身份的。

　　這些講道首先在君士坦丁堡引起了騷亂，隨著這一邪說的流傳，又在各地對信仰的純正造成了普遍的混亂，人心不安。金口聖約安的弟子聖普若克洛（St. Proclus，當時他是賽茲庫斯的主教，後來擔任君士丁堡的牧首），在聖堂裡當著聶斯托利的面講了一篇道理，宣認上帝之子生於童貞女的淨胎，當她懷孕的時候，神性在她這位至潔者的胎中就與聖靈所降孕的孩子結合為一。雖然童貞瑪利亞所生養的是這個孩子的人性，但他生來就是真上帝，是真人。因此，童貞瑪利亞確實是誕神女（上帝之母）。

　　但是，聶斯托利仍頑固不化，不願改正他所傳授的邪說，他說人必須分清耶穌和上帝之子，瑪利亞不應被稱為誕神女，而應被稱為誕生基督者（基督之母，Christotokos）。因為瑪利亞所生的只是基督這個人──基督即彌賽亞，受膏者的意思──就如上帝在舊約時代給先知們膏油一樣，但是基督卻超越了古聖先知，惟有他圓滿地與上帝共融合一。聶斯托利所教授的這一邪說否定了上帝的整個救恩工程。因為假如瑪利亞所生的只是一個人的話，那麼，為我們受苦受難的不是上帝，而是一個人了。

　　亞歷山大裡亞的牧首聖基裡爾得知聶斯托利的這一學說，瞭解到這在君丁堡所造成的混亂。於是，聖基裡爾致書聶斯托利，他在信中想要勸說聶斯托利堅持教會所宣認的訓導，不要增添任何新奇的教義。同時，基裡爾還給君士丁堡的神職人員和居民寫信，鼓勵他們堅持正統信仰，不要害怕因不附和聶斯托利的觀點而受到的迫害。聖基裡爾還將所發生的一切通報給羅馬的教宗聖凱萊斯廷（St. Celestine）。那時，教宗和他所牧養的羊群仍對正統信仰堅定不移。

　　聖凱萊斯廷亦致書聶斯托利，要求他宣講正統的信仰，而不要講授他自己的學說。但是聶斯托利對所有這些勸告都充耳不聞。他回答說：他所宣講的是正統的信仰，而反對他的都是異端。聖基裡爾再次致書聶斯托利，指出聶斯托利學說中十二條應受詛咒應予棄絕的異端，亦即將聶斯托利所宣講的理論中與正統教會教理不一致的十二條主要謬誤一一列舉出來。這就是著名的「十二詛咒」，倘若有人哪怕是拒絕承認聖基裡爾的十二詛咒中的一條，那麼此人就不再是正教的信徒，而該遭受棄絕。

　　聶斯托利拒不接受聖基裡爾所擬定的信條，他詳細地闡明了他所宣講的學說，同樣也寫了十二條信條，並棄絕所有不接受這些信條的人（即將他們處以絕罰）。信仰的純正性面臨危機，且危機正日益擴大。於是，聖基裡爾寫信給當時在位的皇帝小德奧多西和他的妻子艾弗多基亞，以及皇帝的妹妹普爾赫裡亞，懇求他們關心教會事務，抵制異端。

　　他們決定召集世界各地的主教召開一次大公會議來定斷聶斯托利所講授的是否符合信仰。他們選了艾弗所（以弗所）作為召開第三屆大公會議的地點，至聖童貞瑪利亞曾與神學家使徒約安一起住在該城。

　　聖基裡爾召集在埃及的主教一起由海路前往艾弗所。安提約希亞（安提阿）的牧首與其它東方的主教由安提約希亞沿陸路前往。羅馬主教聖凱萊斯廷不能親臨大會，但他請聖基裡爾捍衛正統信仰，他還親自派了兩位主教及羅馬教會的司祭斐利普，並指示他們應在大公會議上發表怎樣的言論。同樣，聶斯托利與君士坦丁堡地區的主教，巴勒斯坦、小亞細亞及塞浦路斯的眾主教們亦起程前往艾弗所。

　　按羅馬的曆法，7月10日這一天，亦即431年6月22日，在艾弗所的童貞瑪利亞教堂裡，以亞歷山大牧首基裡爾和艾弗所主教孟農為首的主教們聚集一堂，各就其位。在他們的中央放著一本福音書，作為基督親自以不可見的方式主持大公會議的標記。大會一開始就宣讀了由第一、第二兩屆大公會議所制定的信經，接著由東西羅馬帝國的兩位皇帝德奧多西與瓦倫提尼安的代表向大會宣讀皇帝的詔書。

　　宣讀了皇帝的詔書後，即開始誦讀有關文件，包括基裡爾和凱萊斯廷寫給聶斯托利的信，以及聶斯托利的回信。藉與會主教的口，大公會議宣佈聶斯托利的主張是褻瀆神明的，被判為異端。會議同時還免去聶斯托利牧首的職務，剝奪了他司祭的神權。會議為此制定了一項法令，有大約160位與會的教長在上面簽了字。由於一些與會的主教還代表了別的一些無法親自到會的主教在法令上簽了字，因此，大公會議的法令實際上是當時來自不同地區的200多位主教共同的決議。他們見證了所宣認的信仰，這一信仰自古就在他們所在的地方保存著。

　　大公會議的法令代表了普世教會的聲音，它清楚地表達出教會的信仰：生於童貞女的基督是降生成人的真上帝；由於瑪利亞所生的既是完全的人，同時也是完全的上帝，因此，理應稱她為「誕神女」。

　　這一法令在會議結束前即刻就向等候在外的群眾傳達了。當人民得知大公會議捍衛了對聖母的敬禮，又因為聖母在世時曾居於此城，她離世升天後仍是這城市的保護者，故此艾弗所全城歡騰起來。當天晚上，會議結束後，當主教們返回寓所時，民眾歡欣若狂，前來向主教們致敬。他們點著火把，在大街上焚香，護送主教們回去。全城隨處都可聽到歡樂地彼此問候的聲音，榮耀讚美永貞瑪利亞的聲音，以及稱讚那些保衛聖母聖名不受褻瀆並反對異端的教父們的聲音。大公會議的法令被張貼在通衢大道上。

　　大公會議在6月10日、11日、7月16日、17日、22日、以及8月31日召開了6次全體會議。在這些會議中，制定了六條教會法，詳細規定了對那些膽敢傳播聶斯托利的邪說，篡改艾弗所大公會議所頒布的法令者應給予何種處罰。

　　塞浦路斯的主教向大公會議申訴安提約希亞牧首擅自將塞浦路斯教會置於其管轄之下。為此，大公會議決定：塞浦路斯教會應在教會的體制內保持自主的地位。塞浦路斯教會的自主地位是由使徒們所授予的。一般說來，任何主教都不得擅自將先前獨立於他，不受其管轄的地區納入其權下，「以免在行使神職的借口下，世俗的驕傲悄悄潛入，以免我們漸漸破壞，終至喪失了眾人的解救者、我們的主耶穌基督藉他所流的寶血所賜予我們的自由。」

　　大公會議同時肯定了對佩拉吉異端的判罰，該異端教導說，人可靠自力得救，不必依靠上帝的恩惠。會議還決定了某些教會體制上的事務，並致書那些沒有出席會議的主教們，呼籲他們保衛正統信仰與教會的和平。與此同時，大公會議確認普世教會的正統信仰已完全而又清晰地在尼西亞•君士坦丁堡信經裡表達出來了。為此緣故，大公會議不再編訂新的信經，也禁止將來「制定另一信仰」，亦即編寫另一信經，或修改第二次大公會議所確認了的信仰。

　　幾個世紀以後，上述最後的決議被西方基督徒所破壞。開始先是在一些地方，後來漫延到整個羅馬教會，他們在信經上加上聖靈由聖父「及聖子」所發。11世紀時，羅馬教宗對此加以確認，在此之前，從聖凱萊斯廷起的歷任教宗都堅定不移地貫徹執行第三屆大公會議，即艾弗所大公會議的決議，不敢私自篡改或者另立信經。

    就這樣，被聶斯托利所破壞了的和平再次在教會內建立起來。正信受到了捍衛，邪說則被棄絕了。

　　艾弗所大公會議理應被視為普世大公會議，就如在它之前召開的尼西亞大公會議和君士坦丁堡大公會議一樣。出席這次大公會議的人士代表著整個教會。它的決議為「從世界的一極到另一極」的整個教會所接受。它所宣認的是源於使徒時代的信仰。大公會議並沒有創造一個新的教訓，而是堅定不移地為真理作證，因為一些狂徒企圖以謊言取代真理。它準確地闡明了教會所宣認的，生於童貞女的基督的神性。教會所相信的，以及她對這一問題的定斷已清楚地被表明了，再也沒有人能將自己的錯誤理論歸咎於教會了。今後可能會產生其它問題需要教會加以定斷，但決不會是「耶穌基督是否是上帝」這一問題，因為此問題已經被一次而永遠地斷明。

　　以後的歷次大公會議的決議都建基於它們之前的大公會議所定斷的信理之上。之後的大公會議沒有編訂新的信經，僅是對尼西亞•君士坦丁堡信經加以解釋。第三屆大公會議堅定而明確地宣認了教會關於上帝之母的訓導。在此之前，諸聖教父譴責了那些詆毀童貞瑪利亞無玷生活的人，現在，對於那些企圖減低對她的尊崇的人，教父們如此宣告說：「凡是不承認那被稱為『埃瑪努伊爾』（以馬內利）的耶穌是真上帝，因此也不承認那誕生了由父而來並降生成人的聖言之肉軀的聖童貞女為誕神女的人，應受詛咒（即開除出教）。」（聖亞歷山大裡亞的基裡爾，《十二詛咒（第一條）》）