Со времени императора Петра I Великого сношения с Китаем стали более или менее правильными. Снаряжались правительственные миссии в Китай, с одной из каковых был отравлен начальником духовной миссии в Китай епископ Иннокентий, ставший впоследствии святителем Иркутским. Однако, по проискам иезуитов ему не пришлось быть начальником миссии.
Просвещение китайского народа православным учением постепенно подвигалось вперед. Назначенными святейшим синодом начальниками миссия устроялась как в отношении внешнего своего положения, так и в отношении дела проповеди. Постепенно стали возникать в разных городах и селениях обширного Китая миссионерские станы с церквями и школами.
Первым начальником миссии был назначен архимандрит Илларион (Ложайский) (1715 г.), причём богдыхан Канси зачислил членов миссии в высшие сословия. Архимандрита возвёл в мандарины 5 степени, священника и дьякона в мандарины 7 степени, а ученики были причислены к военному сословию.
Вторым начальником миссии предполагалось назначить епископа с титулом епископа Переяславского и, как было уже выше отмечено, кандидатом был епископ Иннокентий, но переговоры о пропуске остались безуспешны и вместо него был назначен архимандрит Антоний Платковский (1722 г.). Третьим начальником был Илларион Трусов (1730 г.), четвёртым – архимандрит Гервасий (1745-1755 гг.), пользовавшийся глубоким уважением со стороны китайцев; пятым начальником миссии - архимандрит Амвросий Юматов (1755-1771 гг.), который принёс много пользы в разрешении дипломатических вопросов. Из начальников в 18 веке до времени отделения миссии дипломатической от духовной надлежит отметить начальника девятой миссии о. Иакинфа Бичурина, прославившегося учёными исследованиями о Китае. Он много потрудился над переводами и издал катехизис на китайском языке. Затем архимандриты Петр, Вениамин, Аввакум, Поликарп, Палладий и Гурий приобрели себе известность даже среди европейских синологов.
До 1890 года в ведении духовной миссии находились чины министерства иностранных дел. Командируемые чины министерства изучали в миссии китайский, маньчжурский и тибетский языки. Из них потом вышли первые русские консулы на крайнем Востоке. Начальником 18 миссии в течение 35 лет был ныне почивший митрополит Иннокентий.
В настоящее время Российская Духовная Миссия в Китае управляется преемником митрополита Иннокентия епископом Семоном, который является по счёту 19-м начальником миссии. В данное время миссия имеет храмы в Пекине - пять, в Тяньцзине – два, в Шанхае – три, Дайрене, Мукдене, Калгане, в Синцзянской провинции – четыре, в Харбине – одну, в Хайларе и Маньчжурии по одной. Кроме того имеются школы в Шанхае, Тяньцзине и Пекине.