法国大革命与民族运动的思想、以及对从前基督教帝国鲜明的记忆，逐渐带来巴尔干半岛上土耳其帝国的分裂。自中世纪晚期，许多国家皆随著独立正教会的建立而独立。随著?图曼帝国的垮台，君士坦丁堡宗主教的权力也快速瓦解。矛盾的是，对希腊人而言，宗主教代表的就是未来的盼望，然而希腊却也是最早成立独立教会的国家。
1821年，希腊老帕特累（Old Patras, Germanos）的大主教正式对土耳其宣战，土耳其政府下的主教区对此发出谴责声明，将这些革命份子逐出教门；然而这份声明却无法阻止任何革命行动，土耳其政府甚至于1821年的复活节将君士坦丁堡宗主教国瑞五世（Gregory V）于教区大门外公开吊死，大批的希腊神职人员亦于各省区内遭到处决。在这次惨案后，官方教区的忠诚度无疑地更加确保；而自由的希腊主教一方面无法再和官方对话，一方面不承认其逐出教会的命令，于是在1833年于那瓦皮里昂（Navplion）举行一次独立教会的教内会议。希腊仿效俄国的制度，设立“神圣宗教会议”，在政府严密的控制下掌管教会。1850年，官方教区被迫承认并允许独立教会，成为希腊正统教会。
1832年塞尔维亚的独立连带也让塞尔维亚教会得以自治。1879年，塞尔维亚教会获得君士坦丁堡承认为贝尔格勒主教辖区的第一个独立教会，然而塞尔维亚教会所涵盖的教区范围只在所谓的“旧塞尔维亚”，即蒙特尼哥罗（Montenegro）一州，这个地区一直以来都独立于土耳其的统治之外，并在采帝涅（Cetinje）有自己大主教区。其中主教同时为全国的政军领袖, 授命于奥地利或圣彼得堡之下。 19世纪下半叶，奥匈帝国有两间独立教会负责管辖塞尔维亚、罗马尼亚、及其他斯拉夫民族，分别是建立于1848年、管理奥匈帝国下所有东正教会的斯雷姆斯基卡尔洛夫奇（Sremski-Karlovci）教区，以及布科维纳（Bukovina）的切尔诺维兹（Czernowitz）教区。后者的管辖权于1873年之后，更涵盖了两个塞尔维亚位于达尔玛提雅的教区（札拉尔与科特尔）。塞尔维亚于波士尼亚和黑塞哥维那的教区在1878年由奥地利接管后，虽仍享有自治权，却从未完全独立于君士坦丁堡牧首区之外。
罗马尼亚在经过数世纪外来政权－如保加利亚、土耳其、希腊法纳尔、及近期的俄国－统治后，在1865年由罗马尼亚教会宣布独立自治。和希腊相同的是，新教会皆受到西欧库札（Alexandru Cuza）专制政权的严格控制，最后同样也在1885年获得君士坦丁堡承认为布加勒斯特教区下的罗马尼亚独立教会。奥匈帝国特兰西斐尼亚（Transylvania）的罗马尼亚教会，则仍在西比悠的独立教区或切尔诺维兹教会管辖之下。
保加利亚独立教会的重建，发生在鄂图曼土耳其帝国统治时期，当时希腊人和保加利亚人皆一起住在马其顿、色雷斯、以及君士坦丁堡，因而不可避面地经过一些迫害与分裂。在土耳其征服之后，特别是在17、18世纪，保加利亚人受到希腊主教的统辖，被禁止用斯拉夫语敬拜神。这项强制禁令在19世纪遭到反抗，保加利亚人开始要求拥有本国的神职人员，及在教会高等组织（如主教办公室）中享有同等的地位；当然，这样的要求也遭到希腊严厉地反对。唯一的例外，是1870年土耳其政府许可成立的保加利亚国家教会，这所教会是由住在君士坦丁堡的保加利亚主教所管理，承认其地位的保加利亚人皆受其统辖。然而此新局面其实是不被认可的，因为这等于承认同一个地区两个不同的教会体系。大公宗主教安提姆斯六世(Anthimus VI)于是在1872年于君士坦丁堡召开一次教务会议，与会者包括了亚历山大与耶路撒冷的希腊主教。这次会议的参与者指责教会机构常有的所谓“种族主义”，并且将一些犯罪的保加利亚人逐出教门。这次的分裂一直持续到1945年，保加利亚被完全承认拥有自治权为止。 在脱离土耳其统治之后，巴尔干半岛的教会无论在种族认同或信仰生活上都有了显著的发展。几所德国式的神学院也在雅典、贝尔格勒（南斯拉夫）、索非亚（保加利亚）、布加勒斯特（罗马尼亚）等地成立。罗马尼亚境内的教会皆推行完整的崇拜仪式，但这样的理想却常因民族竞争而遭到破坏。1872年的君士坦丁堡会议在谴责种族主义时，事实上也等于为当代东正教会点出了最根本的问题。
彼得大帝的宗教规章一直延用到1917年帝俄时期结束。俄国的许多教会人士对于教会收归国营一直感到不满，但是除了计划未来的改革之外，所作有限。然而到了20世纪，其改革计画相继受到重视；虽然彼得大帝和其继位者大多亲自处理教会内的事务，19世纪的沙皇却把大部份的权力委托给“高级教会庶务员”，他们等于是政府的内阁层级，也是整个教会行政组织的领导组织。帝俄政权衰落的主要原因之一，便是社会中严格的世袭制度，其中神职人员也属制度下的产物，有独立教育体系，其子孙因此难以选择他种职业。 尽管有这些显而易见的弱点，教会仍保有一些自觉，一些著名人物如斐都主教（Philaret of Moscow, 1782-1867）仍致力推动教育、神学研究、圣经翻译、及宣教工作等等。俄国教会在67个教区中各设立了一座神学院以培训神父与教师。此外，也有四所神学院校或研究所在几个重要城市被设立（1769年于莫斯科，1809年于圣彼得堡，1819年于基辅，1842年于喀山），他们为俄国人和外国人提供了相当优良的神学训练。然而，严密的阶级制度和这些学校严格的专业特性却成了拦阻其社会影响力的障碍。反之，教会透过隐修制度和其信仰精神，才得以获得知识份子的认同。和大修道院严格的纪律相比，“长者”的预言更具影响力，这些长者是属灵生命基础的活见证，亦扮演了属灵导师和告解神父的角色，较能吸引普罗大众及知识份子。举例而言，萨诺夫的圣撒拉弗（St. Seraphim of Sarov, 1759-1833）便是遵照在俄国森林兴起的静修士传统标准生活。数以千计的基督徒，包括作家果戈里，托尔斯泰，杜思妥也夫斯基也拜访过俄提诺的长者－李奥尼（Leonid, 1768 -1841）、麦考瑞斯（Makarius, 1788-1860）和圣安布罗斯（Ambrose, 1812-91）。其中杜思妥也夫斯基更因所受的启发，在他的小说《卡拉马佐夫兄弟》中描绘了一名叫做佐希玛的修士。从这些知识份子当中，生活神学于是产生，具有莫大影响力的世俗神学家包括隶属斯拉夫学派的霍米雅科夫（Aleksey Khomyakov，1804-60），他后来受到政治圈的青睐，影响多位19世纪末马可斯主义的信徒改信东正教，包括布尔加科夫（Sergey Bulgakov，1871-1944）和别尔加耶夫（Nikolay Berdyayev，1874-1948）。此时宣教的版图也持续扩展，特别在西亚，日本和阿拉斯加（参见以下“宣教：古代及现代”)。 1914年，俄国正教会比巴尔干半岛和中东的正教会出现了更多的神职人员，包括逾五万名的神父、两万一千名的修士、以及七万三千名的修女，也因此得以支持成千上万的神学院和宣道团，并和俄国政府共同在中东的事务上发挥极大的影响力。在俄国人的协助下，1899年安提阿主教首度由一名称为杜曼尼（Meletios Doumani）的阿拉伯人当选。在波兰几次分裂、白俄罗斯及乌克兰的领土重合之后，许多东方天主教的后裔又回归到东正教会。 1905年之后，沙皇尼可拉斯二世（Nicholas II）批准了委员会前会的设立，以预备召开全俄罗斯教会会议。这个会议的目标在于重建彼得大帝以后失落的教会独立性，并且能够重设大主教区，然而最后会议却只在俄罗斯帝国垮台之后才得召开。